Tijekom ljeta 1899. g. učitelj Josip Rehorić primijetio je neobični nalaz pepela ispod naslaga pijeska u spilji na Hušnjakovom brdu pokraj Krapine u blizini rijeke Krapinice. Ubrzo je svoje otkriće dojavio znanstveniku Dragutinu Gorjanoviću-Krambergeru koji potom započinje iskopavanja. Fosilni ostaci pračovjeka prvi su puta razaznati 23. kolovoza 1899. g. U rujnu iste godine započela su sustavna iskopavanja područja. U listopadu 1899. nalazi su prvi puta predstavljeni u Zagrebu, a u prosincu i u Beču.
Iskopavanja nastavljena u idućih nekoliko godina (1900.-1905.) donijela su na svjetlo dana najveću zbirku ostataka neandertalskog čovjeka u Europi. Zbirka je danas sastavni dio Geološko-paleontološkog odjela Prirodoslovnog muzeja u Zagrebu, a dio zbirke može se vidjeti i u stalnom postavu malog muzeja u okviru samog nalazišta. Trenutno se uz potpuru Ministarstva kulture Republike Hrvatske gradi muzej neandertalskog pračovjeka na prostoru lokaliteta.
Krapinski pračovjek pojavio se oko 130 tisuća g. pr. Kr., a vjerojatno je izumro u vrijeme nestanka neandertalskog čovjeka oko 28 tisuća g. pr. Kr. Tijekom dugogodišnjih istraživanja pronađeni su ostatci stotinjak praljudi različite dobi (brojni zubi, lubanje i kosti), mnogo oruđa od kresanog kamena, razna strugala, šiljci, svrdla, sjekire itd. Nalazi brojnih kostiju velikih i srednjih životinja (npr. jelena, bizona, konja, nosoroga, mamuta) upućuju da su neandertalci iz Krapine sustavno lovili ili sakupljali strvine uginulih životinja. Novija istraživanja pronađenih kostiju upućuju na veliku spretnost u lovu tadašnjeg čovjeka koji je imao pristup mesu životinje odmah nakon što je ona uginula. Nedostatak biljnih ostataka neomogućuje točno utvrđivanje kojim su se biljkama prehranjivali. U pećini se na ognjištu neprestano održavala vatra kojom se održavala toplina, osiguravala svjetlost, plašile neprijateljske životinje i kuhala hrana. Oko ognjišta su se vjerojatno okupljali muški i ženski članovi zajednice. Veliki mozak neandertalskog pračovjeka ukazuje na mogućnost da su se služili i govorom ili nekom vrstom zvukovne komunikacije.
Brojne kosti neandertalca iz Krapine jako su slomljene te su pune porezotina. Stariji istraživači tumačili su nalaz oštećenja na kostima kao dokaz ritualnog ljudožderstva pripadnika zajednice. Međutim, suvremena istraživanja pokazala su da su brojna oštećenja rezultat slijeganja zemljišta. Ostala je otvorena i mogućnost ukupa pripadnika zajednice nakon što je s njegovih kosti odstranjeno meso, mišići i tetive. U svakom slučaju neandertalski je čovjek pokapan s oruđem, jednostavnim nakitom i vijencima od cvijeća.