Muzej je posebna ustanova u kojoj se pohranjuju, čuvaju i proučavaju različiti vrijedni predmeti umjetničke ili povijesne vrijednosti. Muzeji dobijaju naziv prema vrsti predmeta koji se u njemu čuvaju, pa tako imamo gradske, područne, opće, prirodoslovne, povijesne, etnografske, umjetničke, tehničke, znanstvene, filmske muzeje…
Riječ muzej dolazi od grčke riječi Mūseĩon koji označava “kuću muza”. Kao institucija se prvi puta javlja u helenističkom razdoblju u egipatskoj Aleksandriji. Početkom 3. st. pr. Kr. egipatski vladar Ptolemej I. dao je izgraditi biblioteku sa znanstvenom ustanovom Muzejem. Knjižnica nije bila otvorena za javnost nego samo za studente i znanstvenike. Za njene potrebe prikupljani su rukopisi, papirusi i razni natpisi sa svih strana svijeta. Svjedočanstva brojnih putnika govore da su im u Egiptu oduzimani svi rukopisi koji su potom prepisivani i vraćani vlasnicima.
Na taj način stvorena je golema zbirka znanja antičkog svijeta s oko 200.000 rukopisa. U brojnim svicima dokumenata bili su zastupljeni gotovo svi poznati jezici: grčki, latinski, armenski, hebrejski, jezici naroda Mezopotamije, perzijski, arapski, pa i indijski. U Muzeju se istraživala biologija, medicina, matematika, astronomija, filologija, geografija, povijest itd. U okviru Muzeja djelovala su brojna znanstvena imena antičkog svijeta. Knjižnica i Muzej prvi su puta uništeni 48./47. g. pr. Kr. u građanskom ratu (aleksandrijski rat) između Kleopatre VII. i njezina brata Ptolemeja XIII., ali nisu sačuvani podaci o veličini štete. Najveća razaranja Muzeja dogodila su se oko 270. g. u vrijeme sukoba u Aleksandriji kada je uništena i palača. Godine 391./392. kršćanski su ekstremisti, uništavajući poganske hramove, uništili su i ostatke Knjižnice. Prigodom arapskog osvajanja Aleksandrije 641. g. uništeni su brojni sačuvani spisi, a iduće godine spaljeni su ostatci Knjižnice.
Pojam muzej ponovno je javlja tek tijekom renesanse i pod tim imenom nazivala se velika zbirka umjetnina koju je u Firenci sakupio njen vladar Lorenzo de Medici. Tijekom ranog novog vijeka pod pojmom muzej obično su se podrazumijevale razne privatne zbirke. Međutim, prva prava ustanova u kojoj se čuvaju razne zbirke javlja se potkraj 17. st. u Engleskoj. Godine 1677. Elias Ashmole na Sveučilištu u Oxfordu osniva prvu muzejsku ustanovu modernog doba – Ashmolean muzej (Ashmolean museum; otvoren 1683.). Tijekom 18. st. osnovani su Britanski muzej u Londonu (The British Museum, 1759.), Vatikanski muzej u Rimu (1734.), Prado u Madridu (1785.), Louvre u Parizu (1793.), a zatim i mnogi drugi.
Najstarija muzejska ustanova u Hrvatskoj je Arheološki muzej u Splitu osnovan 1820. g. Najstarija središnja institucija u Hrvatskoj bio je Narodni muzej u Zagrebu. On se u početku smjestio u Opatičkoj ulici 18 na Gornjem Gradu. Njegovo djelovanje započelo je 10. rujna 1846. godine kada je otvorena prva izložba. Objedio je različite odjele od kojih su kasnije nastali Hrvatski prirodoslovni muzej, Hrvatski povijesni muzej, Arheološki muzej i Etnografski muzej. Ovi muzeji odvojili su se u zasebne institucije u prvoj polovici 20. st.